BALL 1.5.0
allModel.h
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1// -*- Mode: C++; tab-width: 2; -*-
2// vi: set ts=2:
3//
4//
5
6#ifndef BALL_QSAR_ALLMODEL_H
7#define BALL_QSAR_ALLMODEL_H
8
9#ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
11#endif
12
13
14namespace BALL
15{
16 namespace QSAR
17 {
18
21 {
22 public:
26 ALLModel(const QSARData& q, double kw=4);
27
30
34 void setKw(double kw);
35
36 virtual Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
37
39 void train(){};
40
42 virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps);
43
45 double getKw();
46
47 virtual void setParameters(vector<double>& v);
48
49 virtual vector<double> getParameters() const;
50
51 void saveToFile(string filename);
52
53 void readFromFile(string filename);
55
56
57 protected:
58
62 virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd& dist, Eigen::VectorXd& w);
63
65 void calculateXX(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
66
68 void calculateXY(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
69
71 void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::MatrixXd& output);
73
74
79 double kw_;
80 double lambda_;
82 };
83 }
84}
85
86#endif // ALLMODEL
Definition: constants.h:13
void calculateXY(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd &dist, Eigen::VectorXd &w)
virtual void setParameters(vector< double > &v)
virtual vector< double > getParameters() const
virtual Eigen::VectorXd predict(const vector< double > &substance, bool transform=1)
ALLModel(const QSARData &q, double kw=4)
void readFromFile(string filename)
void calculateXX(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
void setKw(double kw)
void saveToFile(string filename)
void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps)
#define BALL_EXPORT
Definition: COMMON/global.h:50