Class NucleicRenderer

java.lang.Object
org.jmol.renderbio.NucleicRenderer

public class NucleicRenderer extends Object
extends CartoonRenderer for nucleics
  • Field Details

    • cartoonBaseEdges

      private boolean cartoonBaseEdges
    • cartoonBlocks

      private boolean cartoonBlocks
    • blockHeight

      private float blockHeight
    • cartoonLadders

      private boolean cartoonLadders
    • cartoonRibose

      private boolean cartoonRibose
    • rPt

      private javajs.util.P3[] rPt
    • rPt5

      private javajs.util.P3[] rPt5
    • rScr

      private javajs.util.P3[] rScr
    • rScr5

      private javajs.util.P3[] rScr5
    • basePt

      private javajs.util.P3 basePt
    • backbonePt

      private javajs.util.P3 backbonePt
    • baseScreen

      private javajs.util.P3 baseScreen
    • backboneScreen

      private javajs.util.P3 backboneScreen
    • ptTemp

      private javajs.util.P3 ptTemp
    • vwr

      private Viewer vwr
    • tm

      private TransformManager tm
    • g3d

      private JmolRendererInterface g3d
    • bsr

      private BioShapeRenderer bsr
    • colix

      private short colix
    • cartoonSteps

      private boolean cartoonSteps
    • scrBox

      private javajs.util.P3[] scrBox
    • triangles

      private final int[] triangles
  • Constructor Details

    • NucleicRenderer

      public NucleicRenderer()
  • Method Details

    • renderNucleic

      void renderNucleic(BioShapeRenderer renderer)
    • renderNucleicBaseStep

      private void renderNucleicBaseStep(int im, javajs.util.T3 ptPnext, javajs.util.T3 scrPnext)
    • renderSteps

      private void renderSteps(NucleicMonomer g, int i)
    • transformPoints

      private void transformPoints(int count, javajs.util.T3[] angstroms, javajs.util.P3[] screens)
    • drawEdges

      private void drawEdges(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int n)
    • renderBlock

      private void renderBlock(NucleicMonomer g)
    • renderLeontisWesthofEdges

      private void renderLeontisWesthofEdges(NucleicMonomer nucleotide)
    • renderEdge

      private void renderEdge(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int i, int j)
    • renderCyl

      private void renderCyl(javajs.util.P3 s1, javajs.util.P3 s2, javajs.util.P3 p1, javajs.util.P3 p2)
    • renderTriangle

      private void renderTriangle(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int i, int j, int k, boolean doShade)
      Parameters:
      scr -
      pt -
      i -
      j -
      k -
      doShade - if shade was not calculated previously;
    • renderRing6

      private void renderRing6()
    • renderRing5

      private void renderRing5()
    • renderRibose

      private void renderRibose()